对于第一阶段审核过的HACCP体系的相应部分，被确定为实施充分有效并符合要求的，第二阶段可以不再对其审核，但认证机构应确保HACCP体系已审核的部分持续符合认证要求。
第二阶段的审核报告应包含第一阶段审核中的审核发现，并且应清楚地表述第一阶段审核已经确立的符合性。第一阶段和第二阶段审核的间隔应不超过6个月。如果超过6个月，应重新实施第一阶段审核。
在审核中应通过适当的抽样来获取与审核目的、范围和准则相关的信息并进行验证，使之成为审核证据。信息获取方法可包括面谈、观察、文件和记录的审查等。
审核组应确定审核发现（概述符合性并详细描述不符合），并予以分级和报告，为认证决定或保持认证提供充分的信息。
对于审核中发现的不符合，认证机构应出具书面不符合报告，要求认证委托人在规定的期限内分析原因、说明为消除不符合已采取或拟采取的具体纠正和纠正措施，并提出明确的验证要求。认证机构应评审认证委托人提交的纠正和纠正措施，以确定其是否可接受。认证委托人对不符合采取纠正和纠正措施的时间不得超过3个月。
审核组应对在第一阶段和第二阶段审核中收集的所有信息和证据进行分析，以评审审核发现并就审核结论达成一致。
审核组应为每次审核编写书面审核报告，认证机构应向认证委托人提供审核报告。认证机构如须向行业主管部门或其他第三方提供审核报告时，应获得认证委托人同意。审核报告应提供对审核的准确、简明和清晰的记录，为认证决定提供充分的信息，并应包括或引用下列内容：
（1）认证委托人的名称、场所、地址和审核范围；
（2）审核的类型、准则和目的；
（3）审核组组长、审核组成员及其个人注册信息；
（4）审核活动的实施日期和地点，包括固定现场和临时现场；
（5）对偏离审核计划情况的说明，包括对审核风险及影响审核结论的不确定性的客观陈述；
（6）与审核类型的要求一致的审核发现、对审核证据的引用及审核结论，特别是对食品安全危害控制措施实施有效性的评价；
（7）发现的不符合项和其他未解决的问题；
（8）适用时，在上次审核后发生的影响客户HACCP体系的重要变更；
（9）审核组的推荐意见。
